安川A1000变频器报EF3故障代码代表从多功能接点输入端子 （S3）输入了外部故障，检查以下几点：

1. 检查S3端子是否击穿
2. 检查端子接线是否正确
3. 检测共发射极与共集电极模式的跳线S3是否选择正确
4. 如果以上都无问题，则可能是控制线路或其他硬件故障，需要送到专业检测机构进行检测后确认故障原因。